Les premières traces de Yoda remontent environ à l'an 900 avant la Bataille de Yavin, un siècle après que Darth Bane ai plongé les Sith dans l'anonymat. Le vérénable Jedi obtient le rang de maître à l'âge de cent ans. Il développe une véritable vocation à former les jeunes padawans. Alors qu'il atteint approximativement l'âge de 400 ans, il forme un Kishiban du nom d'Ikrit, qui se sacrifiera des années plus tard au nom du Nouvel Ordre Jedi de Luke Skywalker (Comment Ikrit est arrivée là est une autre histoire, vous en conviendrez).

Deux cent ans plus tard, Le vaisseau d'entraînement Jedi Chu'unthor s'écrase sur Dathomir. Même si il n'est pas encore membre du Conseil Jedi, Yoda a déjà beaucoup d'influence au sein de l'Ordre. Il est l'un des trois maîtres envoyé sur Dathomir pour récupérer l'appareil. C'est un échec à cause des Soeurs de la Nuit qui repoussent les Jedi. Il semblerait que c'est après cet évènement que Yoda a intégré le Conseil Jedi.

Les siècles passent. Après avoir formé Ki-Adi Mundi, Yoda décide de se retirer de la formation Maître-Padawan au profit des plus jeunes. Ainsi passeront entre ses mains de très jeunes Jedi comme Qu Rahn ou Obi-Wan Kenobi.
Il est de très loin le plus ancien membre de l'Ordre, et constitue avec Mace Windu le binome représentant les Jedi auprès du chancelier suprême. On le sait assez conservateur, surtout à propos de la formation des jeunes padawans. Ainsi , il refusera les réformes proposées par la Jedi Djinn Altis. On le respecte pour sa sagesse, même si ses remarques espiègles contrastent avec l'apparente dignité du plus grand maître qu'est connu l'Ordre.

En 45 av. B.Y., Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi empêchent une bombe du félon Xanatos de le tuer alors même que la maître se trouvait au sein de Temple Jedi.
Connu pour être pacifique, Yoda n'hésite pourtant pas à dégaîner le sabre quand il est forcé par les évènements. Ainsi, il tuera un groupe d'assassins Bartokk voulant détruire l'Académie de Corulag juste un an avant la bataille de Naboo.

Yoda a un don pour puiser dans la Force afin d'observer l'avenir. Selon lui, le blocus instauré par la Fédération du Commerce à Naboo est un signe avant coureur d'évènements bien plus grave. Ainsi, il ne s'étonne guère quand Qui-Gon Jinn lui apprend le retour des Sith. Il accède également à la requête du Jedi de tester le jeune garçon Anakin Skywalker.
Conscient du potentiel du jeune garçon, Yoda voit également en lui une grande menace, et refuse qu'il devienne un Jedi même si il est possible que l'enfant soit l'élu présenté par une ancienne légende Jedi. S'opposant à Qui-Gon Jinn sur cette question, il n'aura pas le loisir de se laisser convaincre : Jinn est tué sur Naboo par un Sith. Obi-Wan a ensuite vengé son maître. Et contre l'avis de Yoda, le jeune Jedi prend Anakin Skywalker en tant qu'apprenti.

Pendant dix ans, Yoda surveille Anakin, qui se montre un brillant Padawan, même si il est loin d'être un modèle. Pourtant, il sent en lui les germes du Côté Obscur, et s'inquiète du fait qu'un autre Sith vit toujours, caché quelque part dans la galaxie. Les évènements vont alors s'enchaîner : alors qu'une sécession pourrait être provoqué au sein de la République par son ancien élève le Comte Dooku, Yoda se rend compte qu'il est de plus en plus aveugle dans la Force.
Suite à une enquête mettant en avant la préparation d'une guerre, Obi-Wan Kenobi est capturé sur Geonosis. Forcé d'intervenir, Yoda prend la tête de l'armée clone apparue d'étrange manière sur Kamino et devient le général républicain de l'armée lors de la bataille de Geonosis.
Après une brillante victoire militaire, le vieux maître est opposé à son ex-apprenti Dooku. Après un affrontement au sabre laser, l'ancien Jedi devenu Dark Tyranus s'enfuit. Pour la plus grande tristesse de Yoda, la galaxie vient de basculer. La Guerre des Clones venait de commencer, où il se signalera notamment sur Axion.

Ces évènements vont précipiter la chute de la République. Après trois ans de guerre, la victoire républicaine révèle les trahisons au grand jour : Palpatine s'autoproclame empereur. Et comme Yoda le craignait, Anakin prend le nom de Dark Vador et sombre dans le Côté Obscur. Obligé de fuir, le vieux maître va se réfugier sur Dagobah, non sans s'être assuré que les deux jumeaux nés de l'union de Anakin Skywalker et Padmé Amidala sont en sécurité.

Les années passèrent où le maître, qui s'était fabriqué une petite maison, médita et vécu en ermite. Un jour arrive un Jedi Noir Bpfassh qui poursuit sur Dagobah Jorj Car'das. Au cours d'un affrontement dantesque, Yoda défait l'adepte du Côté Obscur et soigne le contrebandier blessé. Plusieurs années plus tard, Car'das revient le voir. Mais au lieu de lui prodiguer conseil, le Jedi lui explique qu'il passe sa vie à tenter d'obtenir toujours plus de pouvoir, alors que c’est inutile et vain. Honteux, Car'das se retirera dans le secteur Kathol, abandonnant sa gigantesque organisation qui finira par être dirigée par Talon Karrde.

Quand Obi-Wan Kenobi périt à bord de l'Etoile Noire, Yoda ressent une profonde tristesse. Obi-Wan lui apparaît, et ils parlent ensemble de la possibilité de former Luke et Leia, les seuls capables de vaincre le binome maléfique constitué par Palpatine et Vador.
Juste après la bataille de Yavin, Yoda reçoit de nombreuses visites impromptues. D'abord de l'historien de l'Alliance Arhul Hextrophon qui, fasciné par le vieux maître, accepte de garder le secret sur sa présence. Plus tard, Zak et Tash Arranda s'écrasent sur Dagobah. Les deux jeunes gens sont sensibles à la Force, et Yoda les aide à repartir.

Après la Bataille de Hoth, Luke Skywalker arrive sur la planète-marécage afin de recevoir l'instruction de Yoda. Même si il se montre réticent, le Maître est conscient que seul un Jedi, avec la Force pour alliée, pourra venir à bout du mal qui ronge la galaxie. Malgré tout, lui comme Obi-Wan garderont le secret sur le lien unissant Luke et Vador. Mais Skywalker abandonne sa formation pour aller sauver ses amis sur Bespin. Yoda craint le pire, mais Luke survit.
Quand Luke revient deux ans plus tard, Yoda lui annonce que sa formation est terminée. Il ne lui reste plus qu'à faire face à son père une nouvelle fois pour devenir un Jedi. Le vieux maître sait qu'il a formé son dernier élève. Il n'a plus aucune rôle à jouer. Yoda ferme les yeux pour un sommeil éternel, rejoignant dans la Force Obi-Wan Kenobi pour un long repos, lui qui a servi pendant tant d’années la cause d’un ordre qu’il a tenté malgré les évènements de préserver.

Le Seigneur Dark Krayt était le leader et fondateur d’un nouvel Ordre Sith, qui émergea environs 130 ans après la bataille de Yavin. Arborant une armure étrange le faisant ressembler à un démon, Krayt souhaitait plus que tout amener la crainte dans le cœur de ses adversaires.

Celui-ci forgea sur Korriban, un nouvel Ordre Sith avec des perspectives bien différentes de celle que Dark Bane avait instauré de nombreux siècles plus tôt. En effet, Krayt abolit la règle la plus importante que celui-ci avait créé, celle qui stipulait que seul deux Sith pouvaient coexister à une époque donnée, étant donné qu’il décida de rassembler l’ensemble des adeptes du Côté Obscur qui le souhaitaient. Selon lui, la Galaxie se devait d’être unifiée et contrôlée par les Sith, pour éviter que ne se reproduisent les évènements désastreux qui étaient survenus avec la guerre contre les Yuuzhan Vong.

Considérant également les Jedi comme des agents du Chaos, Krayt décida alors de s’attaquer au Nouvel Ordre Jedi, en assaillant le Temple d'Ossus, symbole ultime de l’Ordre Jedi. Pour se faire il s'allia aux Chevaliers Impériaux de l'Empereur Roan Fel, et de nombreux Jedi perdir la vie sous les assaut de Krayt et ses adeptes du Côté Obscur.
Lorsque plus aucun Jedi n'eu survécu, Krayt aidé par Talon, Maladi et les autres Seigneurs Sith, executa la seconde parti de son plan, et tua ainsi tout les Chevaliers Impériaux mettant fin à leur alliance avec l'Empire. L'Empereur Roan Fel serai le prochain sur sa liste...