Qui-Gon, comme tous les apprentis Jedi, a été formé très tôt. Il a d'abord été Youngling, enfant formé avec d'autres par Yoda. Pour ses treize ans, il devint l'apprenti de Dooku. Le Comte, ayant été entraîné par Yoda lui-même, promettait un excellent entraînement. Mais Dooku, lui apprenant convenablement les voies de la Force, lui a aussi transmis son caractère rebelle. Vers la fin de son entraînement, Dooku et lui voulaient toujours être les plus forts au sabre laser. Le caractère rebelle de Dooku resta en Qui-Gon, qui l'utilisa souvent face aux membres éminents du Conseil Jedi. Il n'empêche que c'était un Jedi très respecté et agile au sabre. Lorsqu'Obi-Wan Kenobi arriva à l'âge de treize ans, il fût sceptique et refusa tout d'abord de le former. Il changea finalement d'avis quand Obi-Wan fit ses preuves lors d'une mission pour laquelle Qui-Gon et lui furent obligés de se serrer les coudes. Même après beaucoup d'épreuves, ils ne purent se résoudre ensuite à se séparer. Le duo sillonna la galaxie, réglant les conflits les plus périlleux. Le plus célèbre est sans doute l'arrestation des terroristes du Front Nebula. Ces terroristes, qui ont tenté d'assassiner le Chancelier Valorum, ont également massacrés le Directoire de la Fédération du Commerce, ne laissant en vie que Nute Gunray. Au cours de cette opération, il arrêta notamment le Capitaine Cohl, figure de proue du FN. Grâce à lui et à Obi-Wan, le chancelier était sauf, et l'oganisation démantelée.

Mais personne ne savait qu'avec la dernière mission de Qui-Gon allait démarrer la chûte de la République. Lui et Obi-Wan furent envoyés sur le vaisseau de la Fédération du Commerce pour résoudre le litige commercial de la planète Naboo. Qui-Gon fut le premier à sentir qu'il y avait quelque chose d'étrange. Ses sentiments se révélèrent justifiés quand des droîdes de combats voulurent éliminer les deux Jedi. Qui-Gon et Obi-Wan réussirent à s'enfuir et à atterrir sur Naboo. Sur la planète, ils rencontrèrent Jar-Jar Binks, un Gungan qui les aida à se cacher sur Otoh Gunga avant de se rendre à Theed, trouver la Reine. Ils finirent par partir avec elle sur Tatooine, où Qui-Gon détecta une "vergence" dans la Force, qui se trouva être la personne d'Anakin Skywalker. Le maître Jedi va tout faire pour libérer le garçon de l'esclavage et va réussir. Mais un imprévu arriva avant le départ de Tatooine : ils furent attaqués pas un Seigneur Sith. Qui-Gon réussit à s'enfuir, mais il se sentait dépassé. Ils partirent sur Coruscant, où il demanda au Conseil Jedi à ce que l'enfant soit entraîné. Sa requête fut refusé à cause du l'âge avancé d'Anakin. Et Qui-Gon, si il le devait, défierait le Conseil une fois de plus. Il savait qu'il y avait quelque chose chez ce jeune graçon. Les Jedi, ainsi que la Reine finirent par reprendre un vaisseau pour retourner sur Naboo et libérer la planète. Là-bas, une terrible bataille s'en suivit, durant laquelle Obi-Wan et son Maître affrontèrent Dark Maul, le Seigneur Sith. Au bout d'un combat acharné, Qui-Gon fut tué pas le sabre-laser du Sith. Avant de mourir, il réussit à convaincre Obi-Wan de former l'enfant. Son corps fut brûlé quelque temps après.